Las cuevas no son espacios sin vida, en contra de lo que pudiera parecer. En la antigüedad han servido de refugio para grandes animales, como el león y el oso de las cavernas y, por supuesto, para el ser humano, sobre todo en épocas frías. También son auténticos puntos calientes de una rica biodiversidad subterránea, ligada a microorganismos sorprendentes y a especies animales extremófilas, adaptadas a condiciones ambientales muy duras, sin acceso directo a la luz y energía procedente del Sol.

En el curso de las investigaciones geológicas llevadas a cabo, han ido apareciendo algunas evidencias de la vida, pasada y presente, desarrollada en la Cueva de las Estegamitas. El ejemplo más espectacular es un fragmento de hueso largo de un mamífero, encontrado en una de las galerías más profundas y de difícil acceso de la cueva. Aunque no es posible realizar un diagnóstico específico certero solo con este fragmento, los expertos apuntan a la posibilidad de que perteneciera a un primate, sin descartar que pudiera ser humano.

Existen muchos más huesos de pequeño tamaño en la superficie y en el interior de los sedimentos detríticos presentes en esta zona profunda, que evidencian la conexión con el exterior en algún momento del remoto pasado.

No es la única pista sobre la posible vida pasada cavernícola, también existen, en varios lugares de la cueva, unas marcas en las paredes, profundas y paralelas, muy similares a las interpretadas como zarpazos de osos de las cavernas en otras cuevas de la península ibérica.

Pero no todo son indicios del pasado, también las evidencias de la vida presente nos salieron al paso: la comunidad vegetal de la superficie se abre paso con sus raíces hacia el subsuelo, colonizando algunas de los sectores de la cueva más cercanos al exterior; y lo más sorprendente, algunos murciélagos, grupo animal especialmente protegido, deambulan y se refugian en algunas de la salas de la cueva, sin que hasta hoy sepamos por dónde entran y salen de la misma.