En el interior de las cuevas no solo existen sedimentos de origen químico, los espeleotemas, mediante los que los científicos interpretan la edad y las condiciones paleoambientales de su formación, sino que también abundan los denominados sedimentos detríticos. Son los formados por granos o partículas procedentes de la descomposición de rocas anteriores, mediante procesos de erosión, transporte y sedimentación. En los cantales calizos entre Málaga y Rincón de la Victoria son muy frecuentes las cuevas, grandes y pequeñas, que contienen sedimentos detríticos, de origen marino o continental, en su interior. De hecho, este sector constituye un Lugar de Interés Geológico (“Complejo de la Araña”), inventariado por la Junta de Andalucía y el IGME, por su gran interés geomorfológico y sedimentológico, representado por un conjunto de plataformas de abrasión marina, sedimentos marinos y continentales relacionados con las transgresiones y regresiones pleistocenas, y redes kársticas subterráneas que también encierran importantes depósitos sedimentarios de gran interés geológico.
En la Cueva de las Estegamitas son muy abundante los sedimentos detríticos, de diferentes tipos, texturas y colores, orígenes y, posiblemente, edad. Su estudio es fundamental para conocer su evolución geológica en detalle. Algunos se encuentran reducidos a su mínima expresión, encerrados en pequeñas oquedades, que pueden verse en las paredes, como testimonios de momentos iniciales de la evolución espeleológica. Otros se encuentran bien expuestos actualmente en el suelo de algunas galerías, bien estratificados, que evidencian antiguos procesos de circulación hídrica. Otros más recientes presentan restos de microfósiles y de carbón, de gran interés para su estudio arqueológico y paleontológico. Por último, existen algunos, relacionados con procesos geoquímicos de alteración de ciertos minerales presentes en la roca caliza, sobre todo de la pirolusita (un óxido de manganeso que crece en forma de bellas morfologías dendríticas que semejan estructuras vegetales), que genera abundantes depósitos de color negro repartidos por varios sectores de la cueva, que contrastan con el blanco de la roca caliza y los espeleotemas