En el agua está el origen de la Cueva de las Estegamitas, como ocurre en la inmensa mayoría de las cuevas.

Pero, en este caso, fue un agua un poco especial. La disolución de la roca caliza se produjo cuando las aguas subterráneas dulces que fluían por su interior intentando llegar al mar, se encontraron con el agua salada, de origen marino que, en un viaje en sentido contrario, se introducía en el interior del macizo rocoso.

Esta zona en la que se produce ese encuentro y la transición entre aguas subterráneas dulces y saladas, dentro de los macizos rocosos litorales de naturaleza kárstica, se conoce como “zona de mezcla”. En dicha zona el agua es particularmente agresiva y capaz de disolver grandes cantidades de roca, formando redes tridimensionales de cavidades de morfología laberíntica, como las que son tan frecuentes en los cantales malagueños.

Aunque desconocemos el momento exacto en que se originó la cueva, sabemos que fue en un periodo en el que el nivel del mar Mediterráneo era bastante más alto que el actual, probablemente hace más de 500.000 años.

Con posterioridad al momento de la génesis de la cueva, el nivel del mar fue descendiendo, con distintos pulsos de subida y bajada, coincidiendo con épocas cálidas y frías, respectivamente, a nivel global, hasta llegar a la posición actual.

Hoy en día, la Cueva de las Estegamitas se encuentra muy por encima del nivel freático o límite superior del agua subterránea existente en el pequeño acuífero kárstico que forma el Cantal Chico.

En su interior se pueden encontrar dos tipos de aguas que continúan haciendo de la cueva algo “vivo”: las aguas de goteo y rezume, en techos y paredes, que a través de pequeñas fracturas y poros de la roca viajan desde la superficie, procedentes de las precipitaciones; y las acumuladas en pequeños lagos o gours, más o menos permanentes, a veces con presencia en su superficie de calcita flotante.

El agua de ambos tipos continúa haciendo su trabajo geológico y creando los maravillosos espeleotemas que adornan techos, paredes y suelos de esta cueva.