Dada la gran cantidad de estegamitas existentes en la cueva se ha podido establecer por primera vez, en base a criterios científicos, un esquema explicativo de la génesis y evolución temporal de estos particulares espeleotemas. El modelo contempla ocho fases, concatenadas a lo largo del tiempo geológico, que comprenden todos los procesos que se producen desde la primera etapa de formación inicial de la cueva, hasta la situación actual, todavía activa. En la Cueva de las Estegamitas se encuentran ejemplares que ilustran todas las fases de su evolución, en perfecto estado de conservación, lo que hace de este conjunto un caso único en el mundo